办公室（党委办公室）。承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、税收宣传、机要保密、档案、督查督办等有关日常综合性事务；承担绩效管理工作；机关后勤事务管理、保障和服务工作等工作。
法制股。组织实施依法行政、普法、内部控制和推进海南自由贸易港建设工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项；组织实施税收执法督察，开展税（费）法律政策执行情况的监督检查；组织实施本单位税收执法责任制工作；督促落实督察审计发现问题的整改工作。
税政一股。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税等和进出口税收、非居民所得居民境外所得的征收管理工作；承担相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理；承担增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理；组织实施反避税工作；组织实施税收服务“一带一路”建设工作；承担外事管理。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；承担相关税种具体业务问题的解释和处理。
社会保险费和非税收入股。组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理工作，研究拟定具体实施办法；组织落实社会保险费和有关非税收入的日常管理、日常检查工作；参与社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股。研究拟订本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施；组织落实免抵调库年度安排；统筹协调组织收入工作。组织开展本单位税收经济分析工作，运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担重点税源监控、企业税收资料调查工作。
纳税服务股。组织开展本单位纳税服务工作；组织开展面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股。组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；组织实施信息化建设工作。
税收风险管理股。承担各类税收数据、税（费）数据的集中管理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等事项；组织、考核本单位风险管理工作。
财务管理股。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。
组织人事股。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资、教育培训、离退休干部、数字人事等工作；指导本单位党的组织建设、党员队伍建设等工作。
机关党委（党建工作股）。统筹和落实本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹本单位思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；配合实施巡察工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，负责机关和派出机构党的纪律检查工作，组织开展本单位党的纪律检查工作。
