办公室（党委办公室）。拟订本单位综合工作制度、年度工作计划和税收宣传工作规划，承担公文处理、会务管理、档案管理、机要保密、政务公开、来信来访、值班值守、督察督办、后勤事务管理保障等工作。
法制股。组织实施行政、普法、内部控制和推进海南自由贸易港建设工作；组织协调重大执法决定审核、重大税务案件审理、行政复议、行政诉讼、公职律师和法律顾问、税收执法督察、审计问题整改、“一案双查”工作。
税政一股。组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税等等征收管理工作；组织落实相关税种税收优惠政策，对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；组织落实相关税种税收优惠政策；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费和非税收入股。组织落实社会保险费和有关非税收入的日常征收、管理工作；参与社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、为缴费人提供咨询、法律救济等。
收入核算股。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划、税收收入预测分析、重点税源监控管理、税收会计统计核算、退库、税收经济分析等工作。
纳税服务股。负责组织实施纳税服务工作；承担面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股。组织落实税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织落实信息化工作。
税收风险管理股。承办上级税务机关下发风险应对任务的整合和推送，以及本单位税收风险分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作。
财务管理股。落实单位预决算、基建、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章制度，合理编制预算决算；统筹安排使用各项资金，建立、健全财务管理制度，加强对本单位财务活动进行管理和监督。
组织人事股。组织落实干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、公务员管理、教育培训、干部考核、离退休干部、数字人事、劳动工资、人事档案、出国政审、专业技术职务管理等工作；监督检查干部人事规章制度执行情况；指导本单位党的组织建设、党员队伍建设等工作。
机关党委（党建工作股）。统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作;负责机关和派出机构党群工作。
根据有关规定，设置党委纪检组。负责机关和派出机构党的纪律检查工作，组织开展本单位党的纪律检查工作。
