办公室(党委办公室)。承办机关日常综合性事务，承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、信访、值班值守、国家安全等工作;组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传、督查督办等工作。
法制科。组织实施依法行政和推进海南自由贸易港建设工作;承担涉及多个税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件;承担规范性文件合法性审查工作;承担重大执法决定法制审核工作;组织协调重大税务案件审理;承担税务行政复议、行政诉讼、涉税反补贴案件应对、公职律师和法律顾问相关工作。承担本系统内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法督察组织实施税收执法督察，开展对社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章及规范性文件执行情况的监督检查;组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。
货物和劳务税科。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收的征收管理工作;对相关税种和进出口税收具体业务问题进行解释和处理;负责增值税发票管理;指导进出口税收的日常管理。
企业所得税科。组织实施企业所得税征收管理工作;对企业所得税具体业务问题进行解释和处理。
个人所得税科。组织实施个人所得税征收管理工作;对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。
财产和行为税科。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作;对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费和非税收入科。组织实施社会保险费和有关非税收入征收管理工作，研究制定具体实施办法；指导社会保险费和有关非税收入的日常征管、日常检查工作；参与涉及社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
纳税服务科。组织实施纳税服务工作;承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作;承担税收信用体系建设;落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。
征收管理科。组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件;承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作;组织实施信息化建设工作;承担税务行业标准和业务需求管理。
国际税收管理科。组织实施国家(地区)间税收条约(安排);承担非居民所得、居民境外所得等跨境税收管理工作;组织实施反避税工作;组织实施国际税收征管协助;负责外事管理。
收入规划核算和税收经济分析科。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划;拟订出口退(免)税年度安排，组织实施免抵调库年度安排;组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作;组织实施会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。组织实施税收经济分析工作;运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析;承担税收政策效应分析工作。
财务管理科。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控、政府采购、资产管理等工作;办理具体采购事项;承担机关财务管理工作。
组织人事科。组织实施干部人事制度及人才队伍建设;承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核、工资、人事档案、专业技术职务管理等工作。承担干部教育培训工作。
考核考评科。组织实施绩效管理和数字人事管理工作;承担年度绩效考评工作。
党建工作科。协助党委落实全面从严治党主体责任;统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导本系统思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明、统战和巡察工作。
机关党委。承担机关和派出机构党群工作。
老干部科。承担老干部工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。
