办公室(党委办公室)。承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、政务公开、政府信息公开、税收宣传、督查督办工作。
法制股。组织实施依法行政、普法、内部控制和推进海南自由贸易港建设工作;承担重大执法决定法制审核工作;组织协调重大税务案件审理;组织办理行政复议、行政诉讼等事项;组织办理涉税反补贴案件应对工作;承担公职律师和法律顾问相关工作。
税政一股。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税等和进出口税收、非居民所得居民境外所得的征收管理工作，承担相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理;组织落实相关税种的税收优惠政策;承担增值税发票管理。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作，承担相关税种具体业务问题的解释和处理;组织落实相关税种的税收优惠政策。
社会保险费和非税收入股。组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理工作，参与社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股。研究拟订本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施;组织落实免抵调库年度安排;统筹协调组织收入工作。
纳税服务股。组织开展本单位纳税服务(含缴费服务，下同)工作;组织实施纳税服务制度和规范;组织开展面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股。组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法;组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作;组织实施征管质量监控评价;组织落实信息化规划、方案和制度，实施本单位信息化建设、考核评价和验收工作;承担税务行业标准和业务需求管理;承担信息化立项和预算管理。
税收风险管理股。承担本单位税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作;承担各类税收数据、税(费)数据的集中管理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等事项;组织、考核本单位风险管理工作。
财务管理股。贯彻落实本单位预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法;审核汇编部门预算、决算，组织实施部门决算执行和公开工作，承担本单位财务管理工作。
组织人事股。组织落实干部事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案;承担人事、机构编制、公务员管理、教育培训、干部考核、离退休干部、数字人事等日常管理工作。
机关党委(党建工作股)。协助本单位党委落实全面从严治党主体责任;督促本单位党组织落实管党治党责任，统筹和落实本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策;统筹本单位思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局琼海市税务局委员会纪律检查组”。负责机关和派出机构党的纪律检查工作，组织开展本单位党的纪律检查工作。
