办公室（党委办公室）。拟订本单位综合工作制度、年度工作计划和税收宣传工作规划；承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作。
法制股。组织实施依法行政、普法、内部控制和推进自由贸易港建设工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项。
税政一股。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税等和进出口税收、非居民所得居民境外所得的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法。
社会保险费和非税收入股。组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理工作，研究拟定具体实施办法；组织落实社会保险费和有关非税收入的日常管理、日常检查工作。
收入核算股。研究拟订本单位税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。
纳税服务股。组织开展本单位纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施纳税服务制度和规范；组织开展面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股。组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作。
税收风险管理股。承办上级税务机关下发风险应对任务的整合和推送；承担本单位税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作。
财务管理股。贯彻落实本单位预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法。
组织人事股。组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制、公务员管理、教育培训、干部考核、离退休干部、数字人事等日常管理工作。
机关党委（党建工作股）。协助本单位党委落实全面从严治党主体责任；督促本单位党组织落实管党治党责任，统筹和落实本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局万宁市税务局委员会纪律检查组”。负责机关和派出机构党的纪律检查工作，组织开展本单位党的纪律检查工作。
