办公室（党委办公室）。拟订本单位综合工作制度，年度工作计划和税收宣传工作规划，承担公文处理、信息、政务公开、会务、信访、涉税舆情、机要保密、档案、督查督办、后勤事务等工作。组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。
法制股。承担依法行政、普法、内部控制和推进海南自由贸易港建设工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政诉讼工作；组织实施税收执法督察，督促落实督察审计发现问题的整改工作；参与实施“一案双查”等工作。
税政一股。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税等和进出口税收、非居民所得居民境外所得的征收管理工作；承担相关税收和进出口税收具体业务问题的解释和处理；承担增值税发票管理；组织落实信息系统的推广应用及管理、反避税工作；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
税政二股。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作，落实相关税种的税收优惠政策，对具体业务问题进行解释和处理，参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
社会保险费和非税收入股。组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理、日常管理、日常检查、政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施；组织实施免抵调库年度安排；统筹协调组织收入工作；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作。
纳税服务股。组织实施纳税服务工作；组织实施纳税服务制度和规范；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股。组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施征管质量监控评价、信息化建设等工作。
税收风险管理股。承担税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作；承担各类税收数据、税（费）数据的集中管理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等工作。
财务管理股。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、资产管理、财务管理等工作。
组织人事股。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、公务员管理、教育培训、干部考核、劳动工资、人事档案管理、数字人事管理、离退休干部管理、办理出国政审事项等工作。
机关党委（党建工作股）。协调本单位党委落实全面从严治党主体责任；统筹和指导本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹本单位思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；配合实施巡察工作。
党委纪检组。负责机关和派出机构党的纪律检查工作，组织开展本单位党的纪律检查工作。
